Bien que Pokémon X et Pokémon Y soient très complets en ce qui concerne le Pokédex National, il est impossible de compléter ce dernier à 100% de façon naturelle, c'est-à-dire par simple captures ou échanges avec la version complémentaire. En effet, si l'on met de côté les distributions évènementielles, seulement 593 bestioles peuvent être attrapées. Autrement dit, 125 Pokémon manquent encore à l'appel. Vous retrouverez sur cette page la liste des Pokémon indisponibles, pour lesquels vous devrez utiliser la Banque Pokémon.

Pokémon de la 1ère génération indisponibles

N°	Image	Nom	Type
019		Rattata
020		Rattatac
052		Miaouss
053		Persian
109		Smogo
110		Smogogo
137		Porygon
151		Mew

Pokémon de la 2ème génération indisponibles

N°	Image	Nom	Type
152		Germignon
153		Macronium
154		Méganium
155		Héricendre
156		Feurisson
157		Typhlosion
158		Kaiminus
159		Crocrodil
160		Aligatueur
200		Feuforêve
201		Zarbi
233		Porygon 2
234		Cerfrousse
243		Raikou
244		Entei
245		Suicune
249		Lugia
250		Ho-Oh
251		Célébi

Pokémon de la 3ème génération indisponibles

N°	Image	Nom	Type
252		Arcko
253		Massko
254		Juncko
255		Poussifeu
256		Galifeu
257		Braségali
258		Gobou
259		Flobio
260		Laggron
287		Parecool
288		Vigoroth
289		Monaflémit
343		Balbuto
344		Kaorine
349		Barpau
350		Milobellus
351		Morphéo
377		Regirock
378		Regice
379		Registeel
380		Latias
381		Latios
382		Kyogre
383		Groudon
384		Rayquaza
385		Jirachi
386		Deoxys

Pokémon de la 4ème génération indisponibles

N°	Image	Nom	Type
387		Tortipouss
388		Boskara
389		Torterra
390		Ouisticram
391		Chimpanfeu
392		Simiabraz
393		Tiplouf
394		Prinplouf
395		Pingoléon
401		Crikzik
402		Mélokrik
420		Ceribou
421		Ceriflor
427		Laporeille
428		Lockpin
429		Magirêve
431		Chaglam
432		Chaffreux
456		Écayon
457		Luminéon
474		Porygon Z
480		Créhelf
481		Créfollet
482		Créfadet
483		Dialga
484		Palkia
485		Heatran
486		Regigigas
487		Giratina
488		Cresselia
489		Phione
490		Manaphy
491		Darkrai
492		Shaymin
493		Aceus

Pokémon de la 5ème génération indisponibles

N°	Image	Nom	Type
494		Victini
495		Vipelierre
496		Lianaja
497		Majaspic
498		Gruikui
499		Grotichon
500		Roitiflam
501		Moustillon
502		Mateloutre
503		Clamiral
546		Doudouvet
547		Farfaduvet
554		Darumarond
555		Darumacho
562		Tutafeh
563		Tutankafer
592		Viskuse
593		Moyade
602		Anchwatt
603		Lamperole
604		Ohmassacre
605		Lewsor
606		Neitram
626		Frison
638		Cobaltium
639		Terrakium
640		Viridium
641		Boreas
642		Fulguris
643		Reshiram
644		Zekrom
645		Demeteros
646		Kyurem
647		Keldeo
648		Meloetta
649		Genesect