Bien que Pokémon Jaune soit très complet en ce qui concerne le Pokédex, il est impossible de compléter ce dernier à 100% de façon naturelle, c'est-à-dire par simple capture. En effet, 13 Pokémon manquent à l'appel. Pour les ajouter à votre Pokédex, vous serez obligé de faire des échanges avec les jeux Pokémon Rouge et Pokémon Bleu.

Liste des Pokémon indisponibles

N°	Image	Nom	Type	Moyen d'obtention
013		Aspicot		Échange depuis Pokémon Rouge ou Pokémon Bleu.
014		Coconfort		Échange depuis Pokémon Rouge ou Pokémon Bleu.
015		Dardargnan		Faire évoluer Coconfort.
023		Abo		Échange depuis Pokémon Rouge.
024		Arbok		Échange depuis Pokémon Rouge.
024		Raichu		Échange depuis Pokémon Rouge ou Pokémon Bleu.
052		Miaouss		Échange depuis Pokémon Bleu.
053		Persian		Faire évoluer Miaouss.
109		Smogo		Échange depuis Pokémon Rouge ou Pokémon Bleu.
110		Smogogo		Échange depuis Pokémon Rouge ou Pokémon Bleu.
124		Lippoutou		Échange depuis Pokémon Rouge ou Pokémon Bleu.
125		Élektek		Échange depuis Pokémon Rouge.
126		Magmar		Échange depuis Pokémon Bleu.