Comme dans tous les jeux Pokémon, Pokémon Masters inclut lui aussi un certain nombre de Pokémon sur son jeu. Cette liste de Pokémon est connue grâce aux différents Duos actuellement présents. Voici la liste des Pokémon actuellement présents sur le jeu ainsi que le dresseur qui l'accompagne :

Nom du Pokémon	Image	Type	Nom du dresseur	Image du dresseur
Dracaufeu			Red (Ultime)
Méga-Dracaufeu X			Red (Ultime)
Dardargnan			Hector
Méga-Dardargnan			Hector
Roucarnage			Blue
Méga-Roucarnage			Blue
Pikachu			Héros/Héroïne
Raichu d'Alola			Tili
Rafflesia			Érika
Persian d'Alola			Danh
Arcanin			Viviane
Mackogneur			Aldo
Boustiflor			Amaro
Empiflor			Amaro
Ponyta			Auguste
Galopa			Auguste
Otaria			Frédo
Lamantine			Frédo
Ectoplasma			Agatha
Mega-Ectoplasma			Agatha
Onix			Pierre
Voltorbe			Major Bob
Électrode			Major Bob
Staross			Ondine
Scarabrute			Sam
Méga-Scarabrute			Sam
Lokhlass			Olga
Évoli			Leaf
Dracolosse			Peter
Mewtwo			Giovanni
Mew			Chen
Germignon			Célesta
Macronium			Célesta
Méganium			Célesta
Héricendre			Luth
Feurisson			Luth
Typhlosion			Luth
Kaiminus			Christy
Crocrodil			Christy
Aligatueur			Christy
Migalos			Jeannine
Nostenfer			Koga
Xatu			Clément
Granbull			Oléa
Octillery			Narcisse (Saison 2019)
Cadoizo			Écho (Saison 2019)
Démolosse			Marion
Méga-Démolosse			Marion
Hyporoi			Sandra
Écrémeuh			Blanche
Leuphorie			Sara
Tyranocif			Pierre (ultime)
Arcko			Brice
Massko			Brice
Jungko			Brice
Poussifeu			Héros/Héroïne
Bekipan			Alizée
Arakdo			Violette
Maskadra			Violette
Monaflèmit			Norman
Makuhita			Bastien
Hariyama			Bastien
Tarinor			Roxanne
Méditikka			Mélina
Charmina			Mélina
Chartor			Adriane
Séléroc			Tatia
Solaroc			Levy
Téraclope			Spectra
Oniglali			Glacia
Méga-Oniglali			Glacia
Drattak			Aragon
Métalosse			Pierre Rochard
Méga-Métalosse			Pierre Rochard
Rayquaza			Amarillys
Simiabraz			Adrien
Tiplouf			René
Prinplouf			René
Pingoléon			René
Roserade			Flo
Kranidos			Pierrick
Charkos			Pierrick
Mustéflott			Lovis
Archéodong			Cardus
Carchacrok			Cynthia
Méga-Carchacrok			Cynthia
Lucario			Cornélia
Méga-Lucario			Cornélia
Blizzaroi			Gladys
Tarinorme			Roxanne
Noctunoir			Spectra
Motisma			Inezia (Ultime)
Vipélierre			Écho
Lianaja			Écho
Majaspic			Écho
Gruikui			Ludvina
Grotichon			Ludvina
Roitiflam			Ludvina
Moustillon			ludwig
Mateloutre			ludwig
Clamiral			ludwig
Mastouffe			Tcheren
Léopardus			Pieris
Zéblitz			Inezia
Bétochef			Kunz
Batracné			Bardane
Crapustule			Bardane
Scobolide			Strykna
Brutapode			Strykna
Mégapagos			Amana
Symbios			Percila
Lakmécygne			Carolina
Lugulabre			Anis
Tranchodon			Iris
Hexagel			Zhu
Psystigri			Kalem
Mistigrix			Kalem
Exagide			Thyméo
Exagide Assaut			Thyméo
Gamblast			Narcisse
Amagara			Lino
Dragmara			Lino
Nymphali			Valériane
Séracrawl			Urup
Bazoucan			Kahili
Lougaroc			Euphorbe
Lougaroc			Alyxia
Bourrinos			Paulie
Trépassable			Margie
Togedemaru			Chrys
Solgaleo			Héros/Héroïne