Lorsque vous lancez le jeu, une voix étrange vous dit d’appuyer sur l’écran. En faisant ceci, vous décollez vers le monde des Pokémon. Vous vous retrouvez ainsi dans l’entre deux mondes, et la voix vous soumet un questionnaire.

Ce questionnaire permet de choisir les protagonistes de l’aventure ainsi que leurs noms. Une fois ceci fait, c’est parti !

Vous apercevez ensuite le soleil, avec la Terre derrière. Un météorite apparait : c’est Deoxys ! Rayquaza s’envole alors de la Terre. Deoxys se demande pourquoi ce dernier n’est pas dans son habitat naturel…