Bien qu'à première vue, le principe reste le même (collectionner des cartes et construire un deck pour combattre), il existe de nombreuses différences entre pocket et le Jeu de Cartes à Collectionner Pokémon (que l'on abrège souvent JCC Pokémon). Le tableau ci-dessous compare les principales différences entre les deux jeux.

Deck de 20 cartes	Deck de 60 cartes
Possibilité d'attaquer au Tour 1 si les conditions sont réunies	Impossibilité d'attaquer au Tour 1 même si les conditions sont réunies
En cas de K.O. sur le Pokémon Actif de l'adversaire : 1 point sur les 3 points possibles (ou 2 si Pokémon-ex)	En cas de K.O. sur le Pokémon Actif de l'adversaire : 1 carte Récompense récupérée sur les 6 cartes Récompense disponibles (ou 2 si Pokémon-ex)
Possibilité de jouer une Carte Supporter si l'on joue au Tour 1	Impossibilité de jouer une carte Supporter si l'on joue au Tour 1
1 Énergie par tour depuis une source d'énergie (hors effet de carte ou talent de Pokémon)	1 carte Énergie par tour depuis la main (hors effet de carte ou talent de Pokémon)
Impossibilité de placer une Énergie sur un Pokémon si l'on joue au Tour 1 (hors effet de carte ou talent de Pokémon)	Possibilité de placer une Énergie sur un Pokémon si l'on joue au Tour 1 (hors effet de carte ou talent de Pokémon)
Cartes du même nom limitées à 2 exemplaires	Cartes du même nom limitées à 4 exemplaires
Faiblesse face au Pokémon Actif de l'adversaire : les dégâts sont augmentés de 20	Faiblesse face au Pokémon Actif de l'adversaire : les dégâts sont multipliés par 2
Pas de Résistance face au Pokémon Actif de l'adversaire : les dégâts sont inchangés	Résistance face au Pokémon Actif de l'adversaire : les dégâts sont réduits de 30
Pas de défaite en cas d'impossibilité de pioche (deck vidé)	Défaite en cas d'impossibilité de pioche (deck vidé)
Nombre de Pokémon sur le Banc : 3 maximum	Nombre de Pokémon sur le Banc : 5 maximum

D'autres différences existent également, comme la simplification de certains effets de cartes comparé au JCC Pokémon, ou encore le fait que les cartes de pocket ne présentent pas de numéro ni de logo d'extension sur la carte en elle-même.

Exemple d'un terrain sur le JCC Pokémon et pocket

Le tableau ci-dessous compare le terrain de pocket et du JCC Pokémon (sur JCC Pokémon Online / JCC Pokémon Live / lors d'un tournois physique).